jacques ANTOINE  vendredi 22 novembre 2002 16:53

Je suis à la recherche d'information concernant l'utilisation de la cytométrie de flux pour la détection de pathogènes dans les produits agroalimentaires.

Fiabilité de la technique, références d'utilisateurs industriels en IAA, sensibilité de la méthode, validation ?

Xavier COMBEAU  vendredi 22 novembre 2002 19:20

Des spécialistes de la Cytométrie de flux :
METIS BIOTECHNOLOGIE (05 55 42 67 00)
vous pouvez joindre M. BUJAUD de ma part, il vous fera une description complète de cette technique, sensibilité, validation...

dimanche 24 novembre 2002 10:02

Pour répondre à la requête concernant les coordonnées de fabricants de laboratoires de contrôle, le SYNDICAT DES INDUSTRIES DU DIAGNOSTIC EN AGRICULTURE, AGRO-ALIMENTAIRE ET ENVIRONNEMENT indique son site :
http://www.sydiale.com

alain.ros dimanche 24 novembre 2002 15:59

From: "jacques ANTOINE" <jantoine@clabo.fr>
To: "liste hygiene" <hygiene@yahoogroupes.fr>
Sent: Friday, November 22, 2002 4:53 PM
Subject: [hygiene] cytométrie de flux


Je suis à la recherche d'information concernant l'utilisation de la
cytométrie de flux pour la détection de pathogènes dans les produits
agroalimentaires.

Fiabilité de la technique, références d'utilisateurs industriels en IAA,
sensibilité de la méthode, validation ?

je ne sais pas si celà peux vous être utile : la société Sysmex commercialise des analyseurs automatiques avec cette technologie.
Dans le domaine médical l'UF-100 traite 100 échantillons à l'heure pour la cytologie et la numération des bactéries urinaires.
Il se peut que cette société propose d'autres analyseurs plus en rapport avec vos préoccupations
Sysmex France 01 48 17 01 90 /fax 01 48 63 23 50
22 av des nations Paris nord bp 50414
95944 roissy CDG cedex

Philippe Sommer lundi 25 novembre 2002 08:29

D'apres mes connaissances, AES commercialise un appareil qui semble seduisant. Methys est prestataire aussi sur cette gamme d'analyse.

Paul Becquart lundi 25 novembre 2002 13:50

A ma connaissance 2 personnes à Lille peuvent vous renseigner à ce propos.
Alexandre Leclercq <alexandre.leclercq@pasteur-lille.fr> à l'Institut Pasteur de Lille qui a une grande connaissance des techniques rapides de détection des pathogènes en agro-alimentaire et qui est membre de la liste.
Il pourra le cas échéant vous rediriger vers une autre personne de l'Institut Pasteur de Lille dont la responsabilité est la technique de cytométrie de Flux Mme Brigitte Quattanens (que je connais également).

Amplitude  mercredi 11 juin 2003 21:20

Bonne réception de cette annonce de la Gazette du Laboratoire :

CTC : pour une visualisation directe de l¹activité bactérienne - BIOVALLEY Méthode rapide et simple pour détecter l¹activité de bactéries à partir de divers échantillons tels que des prélèvements d'eau en microscopie ou cytométrie de flux.
http://www.gazettelabo.fr/2002new/ensavoir.php?NINDEX=60 

Julien vendredi 3 septembre 2004 13:27

Savez-vous si la méthode microbiologique alternative de cytométrie de flux dénombre:

- la flore revivifiable (de façon identique à celle trouvée sur une gélose)

ou bien

- la flore revivifiable + non revivifiable + spores ?

GIRE Erwan vendredi 3 septembre 2004 13:50

Cette méthode permet de dénombrer la flore revivifiable+non revivifiable+spores et elle peut même faire du spécifique en dénombrant tel ou tel genre et tout cela en un temps record.
Pour plus de renseignements vous pouvez aller sur le site :
www.metis-biotech.com

Virginy  CHATAIN samedi 4 septembre 2004 12:29

contactez le groupe METIS à limoges     www.metis-biotech.com/      www.metis-biotech.com/fr/quisommesnous.php4
   pour moi ce sont des spécialistes qui vous donneront une réponse fiable et surtout d'actualité.
  j'opterais pour la dernière solution  ie tout donc bcp plus que ce qui est revivifiable en milieu gelosé.

Richard Antonelli lundi 6 septembre 2004 10:46

Avec un peu de retard, je me permet de rebondir sur la réponse par rapport à une mesure de la flore revivifiable (voir au bas de ce message).

Il existe une méthode (RT-PCR quantitative)permettant de ne mesurer que la flore viable en une journée de travail. Elle repose sur la mesure quantitative des
ARN de bactéries et champignons (cellules végétatives + spores). L'ARN étant une macromolécule instable avec une durée de vie limitée, seule les organismes vivant
sont comptabilisés.
A la différence de la cytométrie de flux, cette méthode est très facilement automatisable ; plusieurs dizaines d'échantillons peuvent être traités en même temps.

Je me ferai un plaisir de répondre hors liste à toute personne intéressé.

berrada zineb mercredi 8 septembre 2004 16:02

Juste pour information
la cytometrie de flux est automatisée depuis des années et permet un marquage et une detection des bactéries et moisissures en moins d'une journée.
cf : www.chemunex.com

Nicolas BUJAUD Mardi 4. Décembre 2007 9:39

Les seuils de détections d'un cytomètre en flux dépendent non seulement du cytomètre lui-même (nombre de détecteur, sensibilité de ces derniers, vitesse du flux, discrimination des évènements...), mais aussi des protocoles d'analyses. Derrière le mot "protocole", je pense aussi bien aux aspects techniques (préparation des échantillons, marquage, nature de la matrice...) qu'aux aspects "soft" (logiciel d'acquisition.)

Cependant, je pense que vous voulez savoir quel est le nombre de microorganismes qu'il faut avoir dans un échantillon pour permettre leurs détections. Les techniques cytométriques les plus performantes sur le marché peuvent dénombrer directement une contamination dès alors que 500 microorganismes sont présents par g ou ml d'échantillon. Généralement, le seuil de détection varie entre 500 et 5000 pour une détection en directe. Certains industriels, pour améliorer la sensibilité, tout en diminuant le temps d'analyse versus techniques traditionnelles, recourent à l'enrichissement. Ainsi, nous sommes capables de mettre en évidence, en 24 à 72h, une cellule (bactérie, levure ou moisissure) dans 1 litre de produit.

Concernant l'utilisation de la cytométrie en flux pour la recherche de pathogènes, sachez qu'à l'heure actuelle, cette technologie permet de réaliser des tests très spécifiques de Listeria spp, Listeria mono, Salmonella, E.coli 0157:H7... D'ailleurs MêTiS Biotechnologies a déposé, il y a quelques années des brevets en ce sens.

Dans le cas des pathogènes, nous sommes capables de trouver la présence d'une bactérie (qui plus est stressée et difficilement cultivable) dans 25g (voire plus) de matrice entre 15 et 26 heures selon le test. Pour rassurer les colistiers, la cytométrie en flux est utilisée en routine chez de nombreux industriels agroalimentaires depuis 2002 (aussi bien en prestation de service qu'après acquisition de la technologie sur site de production)

Désolé pour la longueur de la réponse qui, je l'espère, vous conviendra. Si vous souhaitez plus d'info, n'hésitez pas..

Amicalement

Nicolas BUJAUD

MêTiS Biotechnologies

ESTER Technopole

BP 6936

87069 LIMOGES cedex

Tél : +33 (0)5 55 42 67 00

Fax : +33 (0)5 55 42 67 01

qualiseb Mardi 15. Avril 2008 20:10

Je cherche des infos sur les "performances" de cette technique analytique, entre autre, en comparaison avec les autres techniques rapides type VIDAS ou PCR:

_validité/reconnaisance

_taux de faux positifs

_taux de faux négatifs

_etc...

Merci d'avance

Anne-Laure Rivallin Mardi 15. Avril 2008 23:43

J'ai fait des études sur la cytométrie de flux avec une technologie de chez Chemunex dans une entreprise qui fabrique des soupes. il y avait en effet des faux positifs: Certains produits testés donnaient plus de faux positifs que d'autres selon leur composition. C'est pourquoi, je ne pense pas que vous trouviez un taux de faux positifs qui s'applique à tous les produits.

Mais l'amélioration des réactifs (j'ai validé la seconde génération) avait énormément diminué ce taux.

Bien sur, je n'ai plus les résultats des comparaisons avec des numérations mais pour la flore totale, ils étaient très cohérents avec les numérations classiques.

Quand je travaillais sur ce sujet, les marqueurs pour des numérations d'organismes spécifiques venaient juste d'être développés et je n'ai pas eu l'occasion de travailler dessus.

Vu ce que me disait le fournisseur, beaucoup d'entreprises de soupes et/ou sauces à dimension nationale utilisaient ce produit.

J'espère que ces renseignements vous aideront.

Bonne soirée,

Nicolas BUJAUD Jeudi 17. Avril 2008 10:54

Pour répondre à votre question, il faut d'abord savoir l'application que vous recherchez.

En effet, quand vous voulez connaître les performances de la cytométrie en flux (oui, on dit EN flux et non DE flux, pour info), versus PCR ou Vidas, je suppose que vous pensez aux tests pathogènes.

Ce que je peux vous dire au sujet de la performance de la cytométrie (CMF) c'est que celle-ci dépend essentiellement des étapes de préparation du test, le cytomètre n'étant la que pour "lire" le résultat. Aussi, si l'on utilise un bon cytomètre (multiparamétriques avec au moins 4 paramètres de discriminations et suffisamment sensible pour distinguer les petits évènements (attention, tous les cytomètres ne sont pas capables de discriminer correctement des particules autour de 1µm)), alors tout repose sur la préparation des échantillons.

Dans notre cas (en essayant d'être le moins commercial possible, ce qui est difficile car le nombre de sociétés maîtrisant les tests pathogènes par cytométrie est très restreint), nous avons breveté une technique de préparation des échantillons basée sur 4 étapes:

- Enrichissement court (entre 18 et 24 h) dans un bouillon "inducteur"

- Concentration des bactéries cibles sur billes magnétiques => plus d'effet matrice

- Marquage d'activités spécifiques => permet de ne rendre lisible par le cytomètre que les bactéries cibles vivantes

- Lecture par un cytomètre performant

Pour répondre à votre question sur "faux négatif", ce que l'on sait, c'est que le taux de faux négatif doit être très faible car de nombreuses validations vs autres méthodes ont montré que dans des échantillons extrêmes (environnement, process stressant...), notre méthode permettait de sortir plus de positifs que les méthodes de comparaisons. Pour des matrices non complexes, la différence avec les autres techniques est plus faible, seul l'intérêt de la rapidité est retenue.

Pour les applications non pathogènes, la CMF est un outil qui permet de voir des choses que l'on ne voit pas forcément avec d'autres méthodes. Par exemple, le test de flore totale par CMF permet le plus souvent de dénombrer plus de microorganismes que les méthodes culturales, car ces dernières ne permettent pas toujours de faire pousser toutes les formes bactériennes. On peut donc dire, dans ce cas, que les faux négatifs sont dans le camp des méthodes culturales.

Cordialement

Nicolas BUJAUD

MêTiS Biotechnologies

ESTER Technopole

BP 6936

87069 LIMOGES cedex

Tél : +33 (0)5 55 42 67 00

Fax : +33 (0)5 55 42 67 01

MARDI 03 MARS 2009

ALIMENTAIRE PRO JANVIER 2009 La cytométrie en flux
http://www.alimentaire-pro.com/dossiers/microbiologie_aliments/cytometrie_en_flux.php