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L’interprétation des résultats d’analyses microbiologiques (généralités)

Analyses microbiologiques (généralités)

 

 

 

 

 

 

 

L’incertitude dans l’interprétation des résultats d’analyses microbiologiques

 

Hubert BAZIN Monday, March 27, 2006 6:14 PM

Il y a quelques mois, j'avais posé la question de l'incertitude autour des résultats d'analyses bactério. En effet, le COFRAC exige que les labos accrédités fassent figurer l'incertitude à côté du résultat. A ce jour, je n'ai pas connaissance d'un seul labo qui fasse figurer cette information sur le "rapport d'essai" (certificat d'analyse). Un seul labo m'a répondu "si un client le demande un jour, on fera les calculs".

L'une ou l'autre des colistier(e)s aurait-elle (il) plus d'information ?

 

Olivier CERF Mon, 27 Mar 2006 10:55:25 +0200


--- Dans hygiene@yahoogroupes.fr, "jnjoffin" <jnjoffin@a...> a écrit
>
> Dans le texte du règlement européen appliqué depuis le 1e janvier 2006, le n°2073/2005, l'analyse des résultats contient une phrase peu claire :
>
> "n = nombre d'unités constituants l'échantillon ; c = nombre maximum de résultats pouvant présenter les valeurs comprises entre m et M, pour le nombre d'échantillons n réalisé"
>
> Or cela me pose pb car c ne peut faire référence à un nombre d'échantillons mais aux unités constituant l'échantillon. Ou alors il y a autre chose que je ne comprends pas !
>
> Il me semble donc qu'il faudrait dire :
> "n = nombre d'unités constituants l'échantillon ; c = nombre maximum
> d'unités de l'échantillon dont les résultats peuvent présenter des valeurs comprises entre m et M"
>
> Qu'en pensez-vous ?
>
> jn joffin
>

Votre interprétation est la bonne. Quand le règlement indique c=0, il faut lire : « aucune unité de l’échantillon ne doit présenter un résultat supérieur à m ».

Olivier CERF Mon, 27 Mar 2006 17:17:39 +0200

From: hygiene@yahoogroupes.fr [mailto:hygiene@yahoogroupes.fr] On Behalf Of qualiseb
Sent: Monday, March 27, 2006 4:08 PM
To: hygiene@yahoogroupes.fr
Subject: [hygiene] Re : problème dans le nouveau règlement européen

* Bonjour,

Peut ont garder le principe du 3m qui, il me semble, représente
l'incertitude analytique ? En fait, le résultat d'un dénombrement
est satisfaisant jusqu'à 3m.


Rien de tel ne figure dans le règlement 2073/2005. Par conséquent, la réponse me paraît sans ambigüité : non.

Aussi, ce n’est pas la valeur m qui doit servir d’objectif à l’exploitant, mais (m – incertitude). Le terme incertitude, dans le présent contexte, recouvre à la fois les erreurs liées à la technique de mesure et la variabilité de la concentration du micro-organisme dans l’aliment.

Soit X la « vraie valeur » de la concentration, et nX (lire n fois X) la borne supérieure de l’intervalle de confiance 95%.
Supposons maintenant que m = 100 dans le règlement. Si vous voulez que votre produit soit accepté dans 95% des cas, vous devez avoir comme objectif que la concentration moyenne dans l’aliment soit égale à m/n.

Si n=3, alors votre objectif est m/3.


Jean-Noel.Joffin Mon, 27 Mar 2006 21:05:56 +0200

Dans ma lecture (contestable) du règlement 2073/2005, je n'ai pas noté de référence à une incertitude.
Je ne vois donc pas pourquoi on parlerait d'une tolérance à 3m.
Il me semble donc que l'objectif est d'avoir au maximum, pour un échantillon donné, c unités d'échantillon inférieures à M et supérieures à m, et donc n-c inférieures à m.
S'il y a erreur, où est l'erreur ?
Y-a-t-il une interprétation subtile du règlement que je ne comprends pas ?

 

Pascal Cahen Mon, 27 Mar 2006 23:21:59 +0200

Pour avoir précédemment travaillé en laboratoire de microbiologie alimentaire, je vous assure que les laboratoire sont bien embêtés pour répondre à cette exigence. Il n'existait pas voici 2 ans de méthodologie fiable.
En chimie, l'évaluation de l'incertitude repose sur la répétition d'analyse d'un échantillon standardisé. Mais il n'existe pas de tel échantillon en microbiologie, personne n'a encore réussi à en fabriquer.
Alors on calcule l'incertitude liée à la prise d'échantillon, à la dilution,au comptage des UFC. On essaie de calculer l'incertitude liée au milieu deculture (mais le manque de standard ne permet d'obtenir que des incertitudes relatives), on prend en compte les résultats des essais inter laboratoire... Comme tout ca prend beaucoup de temps pour arriver à un résultat peut etre contestable, beaucoup préfèrent attendre que la méthodologie ait validée.

qualiseb Tue, 28 Mar 2006 06:42:19 -0000

Pour ceux qui sont surpris et/ou découvre cette notion d'incertitude des 3m, il faut lire l'annexe de l'arrêté du 21/12/79, repris dans la note de service DGAL/SDHA/N2000-8155 du 12 décembre 2000...
ATTENTION, l'Arrêté du 21/12/79 a été abrogé par l'Arrêté du 3 avril 2006

Au II A/ Définition ont peut lire: c== nombre d'unités comprise entre 3m et M en milieu solide et 10m et M en milieu liquide, plus bas, M== 10m ( dénombrement en milieu solide ), M== 30m ( dénombrement en milieu liquide ).

Sur quels fondements sont basés ces chiffres ?
Sur quels fondements peut'on les remettres en causes ?

Dans le même registre, quelqu'un connait'il l'incertitude analytique du dosage du collagène, notament pour le respect du C/P dans les viandes hachées ?

Cordialement

Laurent

Complément de BP:
La Note de service N2000-8155 citée dans le message ci-dessus a été abrogée etremplacée par la Note de service DGAL/SDHA/N2001-8090 du 27/6/2001, dont l'objet est "critères microbiologiques applicables aux aliments. Cette dernière est accessible via le panorama réglementaire suivant:
http://www.liste-hygiene.org/veille2.htm

 La note de service DGAL/SDHA/N2001-8090 a été remplacée par la Note de service DGAL/SDSSA/N2008-8009 du 14/01/2008 (84 K) Précisions relatives aux modalités de mise en oeuvre des analyses microbiologiques de denrées alimentaires et d'exploitation des résultats.

http://agriculture.gouv.fr/sections/publications/bulletin-officiel/2008/bo-n-03-du-18-01-08/note-service-dgal-sdssa/downloadFile/FichierAttache_1_f0/DGALN20088009.pdf?nocache=1134040585.85





Olivier CERF Tue, 28 Mar 2006 09:25:19 +0200

Voici une interprétation tout personnelle : à discuter, donc.

Voyons le règlement 2073/2005 :

«échantillon» un ensemble composé d'une ou de plusieurs unités ou une portion de matière, sélectionné par différents moyens dans une population ou dans une quantité importante de matière et destiné à fournir des informations sur une caractéristique donnée de la population ou de la matière étudiée et à constituer la base d'une décision
concernant la population ou la matière en question ou concernant le procédé qui l'a produit;

et :

n = nombre d'unités constituant l'échantillon;


Je vois deux cas :

Vous fabriquez des plats, donc « une population » de plats, chaque plat constituant une unité.

Ou bien :

Vous fabriquez une préparation culinaire (« une quantité importante de matière ») qui est répartie dans des assiettes par les
clients.


Dans le premier cas, il me semble qu’il faut prendre 5 plats, et dans chacun faire une prise d’essai de 100 g.

Dans le deuxième cas, il me semble qu’il faut prélever 5 prises d’essai de 100 g dans la bassine (s’il n’y en a qu’une), ou des prises d’essais de 100 g dans 5 bassines.

Ensuite, une analyse est faite sur chaque prise d’essai.

Philippe Sommer Tuesday, March 28, 2006 9:27 AM

En ce qui concerne les laboratoires d'analyses (secteur alimentaire) il est demandé que les laboratoires estiment leurs incertitudes de mesure pour les paramètres pour lesquels ils sont accrédités. Le cofrac ne demande pas par contre qu'ils apparaissent sur les bulletins d'analyses, sauf demande explicite du client (qui est roi selon l'ISo 17025 ;-) ) C'est aussi un moyen pour les auditeurs d'apprécier le degré de maîtrise du processus analytique par les labos eux mêmes.

 

Hubert BAZIN Tue, 28 Mar 2006 21:52:27 +0200

Encore une fois, j'ai donc fait un raccourci malheureux. Ce n'est pas le Cofrac qui exige, bien entendu, c'est la norme... Désolé pour cet à peu près

Norme ISO 17025, de mai 2005, je cite (reproduction très partielle, que j'espère autorisée)
5.10.3 Rapports d'essai
5.10.3.1 "outre les exigences répertoriées en 5.10.2, les rapports d'essais doivent inclure les éléments suivants, lorsque cela est nécessaire pour l'interprétation des résultats d'essai (...)
c) s'il y a lieu, une déclaration relative à l'incertitude de mesure estimée;

L'INFORMATION RELATIVE A L'INCERTITUDE EST NÉCÉSSAIRE dans les rapports d'essai lorsqu'elle est importante pour la validité ou l'application des résultats d'essais, lorsque les instructions du client l'exigent, ou LORSQUE L'INCERTITUDE AFFECTE LA CONFORMITÉ AUX LIMITES D'UNE SPÉCIFICATION."

Sans vouloir pinailler, il me semble que justement, lorsqu'un réglement demande (par exemple) "inf. à 100 ufc/gramme", des valeurs trouvées à 90 ou à 110 ufc/g via une méthode sur boîte de Petri devraient être clairement assorties d'une incertitude car on est bien dans le cas où l'incertitude déborde de part et d'autre d'une spécification (*), et affecte donc la conformité... C'est en tout cas la manière dont j'interprète l'exigence de la Norme (et je ne suis pas le seul)

(*) sauf si quelqu'un peut garantir une précision meilleure que 10 % ?

Pour répondre sur le sujet à Pascal CAHEN, je sais bien que le sujet est épineux (mais c'est, je crois, tout l'intérêt d'un forum tel que le nôtre pour en parler.) Je sais bien également que fabriquer un échantillon de référence, de "titre" connu est à peu près impossible. Mais je sais aussi que l'on peut faire des tests de répétabilité (dans le labo) et de reproductibilité (entre labos). Je sais même que de tels essais sont organisés, et que le COFRAC les encourage. Les organismes organisateurs de ces tests interlaboratoires pourraient-ils publier des résultats globalisés et anonymisés ? Rien qu'un écart-type (associé à UNE méthode BIEN DÉFINIE) serait le bienvenu. Ou encore, les labos qui
participent à ces essais ayant accès aux résultats de l'ensemble des participants, pourraient-ils utiliser dans leurs rapports d'essai ce genre de valeurs? Ce serait mieux que rien; et ça aiderait à la sérénité des débats (tous les clients n'étant pas des professionnels de la microbio, ni du plan à 3 classes).

Pascal Cahen Wed, 29 Mar 2006 23:31:52 +0200

Pour poursuivre sur l'incertitude des résultats microbio, voici quelques précisions ;
Pour un dénombrement sur gélose (milieu solide), l'incertitude est de 0,5 Log
Pour un dénombrement en milieu liquide, c'est 1 Log.
Je n'ai aucune idée de l'incertitude pour des méthodes basée sur des principes radicalement différents comme cytométie en flux ou PCR quantitative.

Ces niveaux d'incertitudes pour les dénombrement en milieux de culture ont été déterminés voici quelques dizaines d'années (avant 1979) (chapeau à l'équipe qui a effectué ce fastidieux travail de répétabilité et reproductibilité). Aucune nouvelle étude n'est venue infirmer ces résultats.
Les écarts observés dans les essais interlaboratoires (EILA) sont de cet ordre de grandeur.
Des discussions ont eu lieu entre labos et Cofrac pour savoir si l'écart type de méthode calculé d'après EILA pouvait être utilisé: non (je n'ai pas tous les argument mais entre autre il n'est pas propre au laboratoire)

0,5 Log = 10 puissance 0,5 = environ 3
Donc un résultat m est compris entre m/3 et 3m
C'est de là que provient le critère 3m dans l'arrêté de 21/12/1979
Si cela semble énorme , il ne faut pas oublier qu'en microbiologie on compte en logarithme (1 - 10 - 100 - 1000 etc.).
D'ailleurs, dans les critères de 1979 ou du Regl. 2073/2005, il y a toujours un facteur 10 au minimum entre m et M. (et souvent un facteur 1000 entre M et le seuil de pathogénicité)ATTENTION, l'Arrêté du 21/12/79 a été abrogé par l'Arrêté du 3 avril 2006


Dans le règlement 2073-2005, il n'y a pas de 3m. Personnellement, je trouve cela mieux. La notion de 3m n'apporte pas de sécurité supplémentaire. Les incertitudes sont prises en compte dans l'écart entre m et M, la compréhension est facilitée.

Une dernière remarque concernant Staph. aureus : il y a toxinogénèse à partir de 100 000 UFC/gramme pour les souches capables de produire une toxine (voir http://www.liste-hygiene.org/STAPHY.html#ent%E9rotoxines

 

Jean-Noel.Joffin Thu, 30 Mar 2006 09:01:05 +0200

Le problème de l'incertitude des mesures me semble essentiel et négligé.
Il est vrai, comme cela a été dit, que l'inceritude de toute mesure devrait être précisée avec le résultat. Le problème est de déterpiner la valeur !
Pour ce qui est des dénombrements en milieu solide, on parle de tolérance entre m/3 et 3m. Il existe pourtant, dans les normes AFNOR, pour ceux qui ont l'argent pour les acheter, une évaluation de l'incertitude de la numération.
Vous pourrez télécharger, sur le site techmicrobio.net, un document pdf qui résume les nombreuses pages des normes consacrées au problème. Rien n'exclut évidemment des erreurs que je corrigerai si vous me les signalez.
(certains tableaux des normes ont été transformés, via tableur, en formules).

Bien entendu, l'incertitude calculée ne porte que sur la numération : il faudrait lui "ajouter" l'incertitude de la méthode.
Ex : quand on numère une suspension d'E. coli par deux méthodes, gélose dénombrement et gélose au désoxyholate, les valeurs trouvées sont plus faibles pour la seconde...

A+ et merci de vos critiques
Jean Noël Joffin

Pascal Cahen Thu, 30 Mar 2006 21:18:49 +0200

Une méthodologie pour évaluer l'incertitude d'une méthode vient d'être publier : ISO/TS 19036:2006 - Microbiologie des aliments -- Lignes directrices pour l'estimation de l'incertitude de mesure pour les déterminations quantitatives

Disponible sur le site de l'ISO
http://www.iso.org/iso/fr/CatalogueDetailPage.CatalogueDetail?CSNUMBER=38948&scopelist=


Gilles TIXIER Thu, 15 Jun 2006 23:23:26 +0200

Pascal CAHEN de QUALITHYS avait signalé sur la liste, la parution d¹une norme sur la méthodologie pour évaluer l'incertitude d'une méthode : ISO/TS 19036:2006 - Microbiologie des aliments ? Lignes directrices pour l'estimation de l'incertitude de mesure pour les déterminations quantitatives
Disponible sur le site de l'ISO
http://www.iso.org/iso/fr/CatalogueDetailPage.CatalogueDetail?CSNUMBER=38948

Voir aussi :
Guide pour la validation de méthodes d¹essais microbiologiques et l¹évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l¹environnement - 2006
www.sas.ch/fr/daten/sts/328f.pdf



 

Hubert BAZIN Vendredi 18. Mai 2007  8:31

> Le 16-mai-07 à 19:58, alaoui lalla chrif a écrit :
>
> > Bonjour
> >
> > j'aurai besoin des incertitudes indiquées pour les éléments suivants : chlore Cl et azote N pour calculer des incertitudes de mesure
> >
> > Je n'arrive pas à les trouver au niveau du site de l'IUPAC
> >
> > merci pour vos réponses
> >
> >
> > Dr Lalla Chrif ALAOUI

Les labos n'ont pas à être "parfaits", et le problème de l'incertitude autour du résultat est d'une importance primordiale lorsqu'il s'agit de déclarer un résultat "conforme" à une norme (en alimentaire comme en bio médicale (avec décision thérapeutique à la clé) ou en résistance des matériaux (câble d'ascenseur ou passerelle...))

En ce qui concerne la bactério, l'utilisation des plans à trois classes est une excellente approche, qui permet de passer outre le problème

En ce qui concerne la chimie, la détermination de l'incertitude est une obligation pour le laboratoire. Mais l'incertitude est liée à un nombre de facteurs tellement important que chaque laboratoire doit faire le travail !

exemple de facteurs : échantillonnage; préparation de l'échantillon; température de la pièce (et variations de température); matériel utilisé; concentration des réactifs; "qualité" des réactifs (par exemple une solution aqueuse de soude se carbonate lentement au contact de l'air : une solution âgée de 6 semaines n'est plus identique à une solution fraîche : au labo à vérifier que cela n'entraîne pas de variation dans son résultat); compétence du personnel; mode opératoire utilisé; étalonnage des instruments; perturbations éléctromagnétiques (je me souviens d'un intégrateur de CPG qui faisiat des pics tout seul, à chaque fois que la grue de chantier en face du labo tournait !); vibrations; etc...

Il y a plusieurs mois, j'avais posé la question sur la liste, en demandant aux collègues responsables de labo "COFRAC" quelles incertitudes ils donnaient à leurs clients. Je n'avais eu qu'une seule réponse (décevante : "pour l'instant nous ne donnons rien, mais si un client demande un jour, nous déterminerons alors l'incertitude")

Je rappelle que, pour un labo accrédité ISO 17025, la connaissance de l'incertitude autour du résultat est une obligation, et sa communication au client (sur le rapport d'essai) une obligation "(...) lorsque l'incertitude affecte la conformité aux limites d'une spécification") (ISO 17025:2005, point 5.10.3.1)

Donc, est-ce que 16.2% est significativement supérieur à 15% (ou à 15.0% ?) ? Je n'en sais rien, mais le labo DOIT pouvoir le dire...

cordialement

Hubert BAZIN

 

Bertrand CARLIER Vendredi 18. Mai 2007  9:14

vu cette réponse quid de la définition de adultération en France ?


dit autrement , vu le dossier mélamine, quid de l'incertitude sur le nombre d'aliment adultéré en France et en Europe , par exemple ?

amicalement
Bertrand

ps ;
The Prevention of Food Adulteration Act & Rules
(as on 1.10.2004)
http://mohfw.nic.in/pfa%20acts%20and%20rules.pdf

Common Adulterants/Contaminants in food and Simple screening tests for their detection

http://agmarknet.nic.in/adulterants.htm

ou

*FDA APPROVES VIRAL ADULTERATION OF OUR FOOD SUPPLY
http://www.newswithviews.com/Richards/byron7.htm
*

* *

In China, it is known that ground urea-formaldehyde resin is a common adulterant in feed for non-ruminants.[104][105] Domestically it is often sold under the euphemism "protein essence" (蛋白精) and is described as "one kind of new proteinnitrogen feed additive".[106] However, urea-formaldehyde resin itself has been suggested as appropriate for use in feed for some non-ruminants in at least one UN FAO report, suggesting its use as a binder in feed pellets in aquaculture.[107]
http://en.wikipedia.org/wiki/2007_pet_food_crisis


la fiche feed sur le wiki americano- anglais est un bon reflet des incertitudes ...
http://en.wikipedia.org/wiki/Animal_feed

 

Thomas Sonia Vendredi 18. Mai 2007  11:40

Je trouve la discussion fort intéressante et je me permets de poser la question suivante :

« En ce qui concerne la bactério, l'utilisation des plans à trois classes est une excellente approche, qui permet de passer outre le problème »

Comment est-ce qu'un plan à trois classes permet-il de contourner le calcul des incertitudes en microbiologie ? L'incertitude n'est-elle pas inhérente à une analyse ?

Nous faisons des analyses microbiologiques et nous sommes confrontés à la détermination de la conformité d'un produit avant de le mettre sur le marché et l'interprétation des résultats soulève souvent des controverses surtout quand il s'agit des germes d'altération ou d'indicateur d'hygiène.

 

 

Alain Gonthier Vendredi 18. Mai 2007  12:18

Il y avait avant la notion de variabilité biologique qui était prise en compte par l'AM microbio de 1979 et qui était égal à 1/2 unité log pour les analyses en milieu solide (gélose)
et une unité log en milieu liquide

 

jnjoffin Vendredi 18. Mai 2007  14:51

ll me semble que les résultats expérimentaux, même en microbiologie, doivent inclure leur incertitude, calculable dans des formules afnor et dans les tables de Mac Grady (à 95%) en fonction des techniques utilisées.

Il n'empêche qu'il y a un résultat et c'est lui qui servira dans le plan à 3 classes : s'il y avait un résultat limite dépassant légèrement la valeur m alors qu'avec application de l'incertitude il serait à cheval, il faut espérer que les autres résultats ne soient pas dans la même situation, ce qui est peu probable. L'application d'une incertitude
importante dans l'arrêté de 1979 était, me semble-t-il, une source de confusion importante et un laxisme inutile.
Bien sûr, si la valeur dépasse M, les conséquences seraient plus graves pour le lot testé.

 

Hubert BAZIN Vendredi 18. Mai 2007  12:07

exemple de plan à trois classes :

on recherche S. aureus dans un aliment, et on veut montrer que l'aliment contient moins de 100 ufc/gramme

Bien entendu, quand on fait une numération sur boîte de Petri, on va compter 86 ufc, ou bien 104 ufc. 86 est inférieur à 100 (mais pas de beaucoup) , mais pas 104. Donc on devrait accepter comme conforme un résultat à 86, voire même à 98 ufc, alors qu'on est très proche de la limite, et refuser une mesure à 104, ou même à 101 ufc, alors qu'on est très proche de la limite (mais pas du même côté). La question de l'incertitude est donc cruciale.

le plan à 3 classes permet de passer outre. En effet

* on va prendre 5 échantillons (n=5)
* on va comparer les résultats à la cible : 100 ufc/g (m=100)
* mais on va accepter que, sur les 5 échantillons, 2 puissent dépasser ce seuil de 100 ufc/g (c=2)
* à condition qu'ils ne dépassent pas une valeur maximum fixée à 1000 ufc/g (M=1000)

Ainsi, un ou deux échantillons mesurés à 108 ou 230 ufc/g ne remettront pas en cause la conformité du lot, si les trois autres mesures sont inférieures à 100. En revanche, la présence d'un seul échantillon à 2350 ufc/g conduira à rejeter le lot.

Le laboratoire n'a pas besoin d'estimer finement l'incertitude autour du résultat obtenu, puisque la marge (un facteur 10 !) est suffisante pour absorber les écarts liés à la répartition de la bactérie dans le produit, à l'échantillonnage, à la mesure de la quantité réellement déposée sur la boîte.

Si votre labo connaît avec précision l'incertitude de chacune de ses techniques de numération, je vous remercie de poursuivre cette discussion en direct avec moi : je suis TRÈS intéressé par ces informations. Si vous ne connaissez pas cette incertitude, je me doute qu'en effet, vous avez à mener des discussions à n'en plus finir avec vos clients, chaque fois qu'un résultat est proche de la limite.

Mais ces clients oublient une seule chose : l'adage (qui j'invente devant vous) "si tu veux GARANTIR inférieur à 100, alors ton procédé doit être MAITRISÉ et inférieur à 10 en toutes circonstances"

Si l'industriel "maîtrise" inférieur à 100, il ne peut en aucun cas tenter de garantir cette valeur : il serait certain d'échouer.

Bertrand CARLIER Vendredi 18. Mai 2007  12:42

re,

cet adage me semble très ancien, cela se nomme "coefficient de sécurité" ou "objectif interne" ou "contrat privé" .

La norme devient alors le pas terrible et dangereux, mais cela n'est pas vendeur ...

ce serait mieux d'écrire que pour atteindre l'objectif de la règle, il faut avoir comme objectif le respect de telle valeur ...

relisez ceci :
Norwegian farmed salmon production raises global concern

Page 1 of 2

http://environmentalchemistry.com/yogi/environmental/200605norwegiansalmon.html

et allez revoir, notamment dans les archives de la liste, la partie française de ce dossier qui concernait quelques exploitations laitières françaises.

Je n'ai pas encore trouvé dans ce dossier de sanction pénale, et ceci est extrêmement choquant, car cela donne des autorités et de la justice une image qui n'est pas la bonne...

qualiseb Samedi 19. Mai 2007  21:07


Il me semble que les industriels se doivent de prendre des décisions, parfois couteuses, sur des résulats d'analyses...Il me parait donc que les résultats doivent être incontestables, sinon...

 

alaoui lalla chrif Vendredi 8. Juin 2007  19:20

Pour revenir sur cette question il nous est imposé d'effectuer ces calculs pour chaque méthode vu l'existence "éventuelle" d'une norme spécifique de calcul d'incertitude en microbiologie alimentaire.
Je suis à la recherche donc de l'intitulé exact de cette norme afin de l'acheter auprès de notre service de normalisation.
Cependant, on n'utilise pas toujours les memes pipettes (1 ml, 2ml ou 5ml) alors dois-je effectuer le calcul pour chaque méthode et pour chaque manipulation?
Dois-je appliquer le meme processus qu'en physico-chimie?

O. Cerf Vendredi 8. Juin 2007  20:36

S'agirait-il de ISO/TS 19036:2006 Microbiologie des aliments -- Lignes directrices pour l'estimation de l'incertitude de mesure pour les déterminations quantitatives ?

alaoui lalla chrif Samedi 9. Juin 2007  12:59

Oui exactement



dpetit95 Lundi 22. Octobre 2007 12:30

je dois déterminer les incertitudes dans un labo de microbiologie.

j'ai la norme iso19036 mais j'aimerais être sûr de bien avoir compris et surtout de ne rien oublier : apparemmement, il "suffirait" de faire 2 reproductibilités (dans des conditions les plus différentes possibles) sur minimum 10 échantillons pour chaque matrice et pour chaque méthode; et donc l'incertitude serait l'écart type en log.

Quelqu'un aurait-il une expérience à ce sujet à me fournir.

Merci



Constant Depiereux Lundi 22. Octobre 2007 14:23

Une question pour les experts : ne faudrait-il pas considérer :

ISO 7218:2007

Microbiologie des aliments -- Exigences générales et recommandations

Voir : http://www.iso.org/iso/fr/catalogue_detail?csnumber=36534

L'ISO 7218:2006 spécifie des exigences générales et des recommandations/options visant trois utilisations principales:

l'application des normes élaborées par l'ISO TC 34/SC 9 ou l'ISO TC 34/SC 5 pour la détection ou le dénombrement des micro-organismes;

les bonnes pratiques de laboratoire pour les laboratoires de microbiologie alimentaire (la présente Norme internationale ne vise pas à les détailler, des manuels sont disponibles à cet effet);

les recommandations relatives à l'agrément des laboratoires de microbiologie alimentaire (la présente Norme internationale décrit les exigences techniques conformes à l'Annexe B de l'ISO/CEI 17025:2005 relative à l'accréditation d'un laboratoire de microbiologie par les organismes nationaux).

L'ISO 7218:2006 couvre l'examen pour les bactéries, les levures et les moisissures et peut être utilisée si elle est complétée par des recommandations spécifiques sur les prions, les parasites et les virus. Elle ne traite pas de l'examen des toxines ou autres métabolites (par exemple les amines) provenant de micro-organismes.

Elle s'applique à la microbiologie des aliments, des aliments pour animaux, à l'environnement de production d'aliments et l'environnement de production primaire.

L'objet de l'ISO 7218:2006 est d'aider à garantir la validité des examens microbiologiques des aliments, s'assurer que les méthodes générales utilisées pour effectuer ces examens sont les mêmes dans tous les laboratoires, à participer ainsi à l'obtention de résultats homogènes dans les différents laboratoires et à contribuer à la sécurité du personnel de laboratoire, en prévenant les risques d'infection.

Elle est bien sûr accompagnée d'une série de petites soeurs et est toujours offerte à un prix permettant de garantir sa disponibilité dans tous les laboratoires (CHF 164 ou 112 euros ;-) )



Albert AMGAR Lundi 22. Octobre 2007 15:12

A propos de la nomre ISO 7218, vous avez raison. Mais ici nous en France, et une norme ISO telle que la ISO 7218 ne peut pas être appliquée. Quand elle sera NF EN ISO 7218 cad d'ici trois mois, vous pourrez l'appliquer et le Cofrac pourra vous auditer sur cette norme.

Cela étant le contenu est strictement identique sauf le prix où il est souvent moins cher à l'ISO mais ceci est une autre histoire.



Constant Depiereux Lundi 22. Octobre 2007 15:21

Voir : http://www.cofrac.fr/fr/actus/laboratoires.htm

""Compléments d’information sur l’annulation des normes de routine, pour les laboratoires accrédités dans le domaine de la Microbiologie alimentaire.

La norme NF EN ISO 7218 est disponible sur le site de l’AFNOR et les laboratoires ont un délai de 6 mois pour mettre en application cette norme à compter du 19 octobre 2007. De même, les normes de routine NF V08-051 (février 1999), NF V08-053 (novembre 2002) et NF V08-057-2 (janvier 2004) seront annulées définitivement au 01 juin 2008.

A compter de la parution de la norme NF EN ISO 7218, chaque laboratoire accrédité sur les normes de routines citées ci-dessus et souhaitant appliquer la ou les normes suivantes :

NF ISO 4833 (mai 2003) : Méthode horizontale pour le dénombrement des micro-organismes - Technique de comptage des colonies à 30° C.

NF EN ISO 16649-2 (juillet 2001) : Méthode horizontale pour le dénombrement des Escherichia coli B-glucuronidase positive - Partie 2 : technique de comptage des colonies à 44 °C au moyen de 5-bromo-4-chloro-3-indolyl B-D-glucuronate

NF EN ISO 6882-2 (octobre 1999) : Méthode horizontale pour le dénombrement des staphylocoques à coagulase positive (Staphylococcus aureus et autres espèces) - Partie 2 : technique utilisant le milieu gélosé au plasma de lapin et au fibrinogène doit en faire la demande écrite au Cofrac. Cette démarche s’applique également aux laboratoires étant accrédités pour la norme XP V08-058 (novembre 1995) et souhaitant une demande d’extension vers la méthode de référence NF EN ISO 7932 (juillet 2005) : méthode horizontale pour le dénombrement de Bacillus cereus présomptifs – Technique par comptage des colonies à 30°C.

Chaque demande fera l’objet d’une mise à jour de l’annexe technique et le laboratoire devra préciser s’il souhaite maintenir l’accréditation sur les normes de routine jusqu’à leur date d’annulation. Une évaluation sur site sera systématiquement planifiée lors de la prochaine évaluation du cycle d’accréditation de chaque laboratoire.

En ce qui concerne toutes les autres normes de routine, destinées à être annulées, les demandes d’accréditation pour les normes de référence correspondantes feront l’objet d’une demande d’extension traitée conformément à la procédure LAB REF 05 du Cofrac.

Cette disposition s’applique notamment aux normes de routine V08-056 (avril 1994)et XP V08-062 (octobre 2000) dont l’annulation est prévue au mois d’avril 2008.""



dpetit95 Lundi 22. Octobre 2007 15:56

L' iso 7218:2007 me renvoie à l'iso/ts19036 (paragraphe 10.3.2.6) pour le calcul de l'incertitude des méthodes quantitatives!



Hubert BAZIN Lundi 22. Octobre 2007 21:01

constatant que peu (sinon aucun) des labos de microbio accrédités ISO 17025 faisaient figurer l'incertitude sur résultat avec les résultats eux-mêmes, j'avais posé la question sur la liste il y a plus d'un an. Je n'ai eu qu'une réponse "on ne le fait pas, mais si un client demande un jour, alors on s'y mettra".

Je serais TRÈS intéressé de savoir si la situation a évolué. Car rappelons-le, l'ISO 17025 exige que l'incertitude soit notée sur le rapport d'essai "... lorsqu'elle est importante pour la validité ou l'application des résultats d'essai, (...)ou lorsque l'incertitude affecte la conformité aux limites d'une spécification;..."



Jean-Yves François Lundi 22. Octobre 2007 21:15

effectivement, les labo sont de tenus de réaliser cette estimation de l'incertitude. Dans mon laboratoire, c'est chose faite et je pense que dans la majorité des laboratoires c'est également le cas (il reste, bien entendu, toujours les mauvais élèves qui, paradoxalement, sont les préférés de certains industriels car moins chers).

Faire figurer ces données sur le rapport d'essais je ne suis pas pour. Il y a déjà beaucoup d'informations sur les rapports, pourquoi en ajouter davantage ? Sur simple demande, le client recevra le dossier d'évaluation des incertitudes telles que mesurées au laboratoire. Dans la majorité des cas, je pense que l'incertitude liée à la méthode d'analyse est minime par rapport aux autres 'incertitudes' (représentativité de l'échantillon, intégrité de l'échantillon, conditions de transport, ...). Par contre, je serai plutôt pour l'obligation de préciser le seuil de détection de la méthode de recherche mise en oeuvre pour tel ou tel pathogène. Cela est beaucoup plus parlant et un résultat négatif prend parfois l'allure d'un positif ignoré ; mais c'est une autre histoire.



dpetit95 Mardi 23. Octobre 2007 10:00

effectivement les clients ne le demandent pas. mais il faut bien se mettre en conformité avec la 17025 avant que le cofrac ne passe par là!

Pour ce qui ont fait ce travail,est-ce que vous avez utilisé les essais interlaboratoires ou avez-vous fait des repro intralaboratoires?



dpetit95 Mardi 23. Octobre 2007 11:19

on a fait cela en interne sur base du document ISO.



Dr Lalla Chrif ALAOUI Mardi 23. Octobre 2007 16:50

Etant en cours d'accréditation ISO 17025 V 2005 (en fait nous avons passé tous les audit et nous attendons juste l'avis de la commission) nous devons pour le prochain audit de bactériologie alimentaire etre en conformité avec la norme ISO 19036. (la norme ISO 19036 est encore en cours d'homologation au Maroc)

Nous avons donc programmé d'effectuer l'ensemble des reproductibilité sur 1 an.

Néenmoins je me pose une question : Si j'ai bien interprété la norme ISO 19036, on doit effectuer 10 reproductibilités par matrice. Quant on dispose de au moins 15 familles de matrice nous devons donc effectuer 150 reproductibilité par germe faisant parti de la portée d'accréditation.

Ne pensez-vous pas que cela est excessif et couteux pour un laboratoire?



Jean-Yves François Mardi 23. Octobre 2007 17:38

c'est effectivement coûteux et, parfois excessif.

Dans vos 15 familles de matrices, ne pensez-vous pas pouvoir en regrouper entre elles ?



Dr Lalla Chrif ALAOUI Mercredi 24. Octobre 2007 11:34

Concernant les analyses physico-chimiques, le calcul des incertitudes de mesure se base sur les 5 M. Le guide EURACHEM du LNE au sujet des incertitudes de mesures pour des méthodes analytiques est très intéressant et est téléchargeable sur le site du LNE.



LUNDI 19 NOVEMBRE 2007

CODEX - Directives pour l'estimation de l'incertitude des resultats
http://www.codexalimentarius.net/web/standard_list.do?lang=fr



alahbabi Vendredi 4. Juillet 2008 18:00

Je cherche à déterminer l'incertitude d'un test chimique (dosage des proteines selon la methode kjeldahl) et je voudrais utiliser une méthode simplifiée qui consiste à utiliser les essais d'aptitude. Est ce que vous pouvez m'aider



v.pouppeville Vendredi 4. Juillet 2008 21:15

l'incertitude c'est l'écart type à la valeur cible.

Donc tu prends un standard (un étalon de valeur connue) et tu effectues plusieurs tests (au moins 5) et calcule l'écart type des résultats données à la valeur du standart (que tu aurais de trouver). Il s'agit de ton incertitude totale (méthode, manipulation, etc.). Penses aussi à faire une séries de dilutions pour déterminer ton seuil de quantification et pour vérifier la linéarité (que l'incertitude soit la même sur toute la plage de mesure). Je crois me rappeler que le seuil de quantification doit être 5 fois supérieur à l'incertitude pour que la méthode soit valable.

Mais suivant les échantillons parfois des erreurs de masquage s'opèrent et viennent s'ajouter à l'incertitude de la méthode, parce que les échantillons doivent être filtrés ou traités en amont, c'est rare mais parfois ça arrive. Alors je te conseille d'utiliser la méthode des ajouts dosés.



Hubert BAZIN Vendredi 4. Juillet 2008 22:23

l'incertitude, c'est la somme de toutes les influences de tous les facteurs sur le résultat de la mesure. Par exemple (et ce n'est pas limitatif):

incertitude des balances sur le résultat de la pesée des références et des échantillons

incertitude sur le résultat de la mesure des volumes pour dissoudre les références et les échantillons (composée de l'incertitude sur le volume de la fiole ou des pipettes, et de l'incertitude sur la mesure de la température, pour corriger la variation de la masse volumique)

incertitude sur les temps de réaction, sur le mesure du signal (intensité électrique), sur l'intégration de ce signal...

mais aussi biais induits par le système électronique (une intensité codée sur 8 bits ne permet d'obtenir que 2^8 = 256 valeurs disctètes. Pas une de plus), effets de matrice, adsorption différentielle de tel composant sur votre filtre, pureté des lots de réactifs, quand ce ne sont pas des vibrations qui perturbent le fonctionnement des appareils ou - comme j'ai pu le constater de mes propres yeux - les parasites électriques générés par le moteur de la grue du chantier de l'autre coté de la rue qui faisait bouger tout seul l'intégrateur (qui avait été déconnecté du chromatographe pour qu'on comprenne ce qui se passait !)

Et je ne parle pas du biais induit par le manipulateur qui rejette un résultat qui ne lui semble pas convenir - alors que ce résultat est peut-être bon.

En d'autres termes, il faut estimer comment ces facteurs influent sur le résultat.

La répétition des essais est un moyen possible SI ET SEULEMENT SI il n'existe pas de biais systématique (je prendrais l'exemple de l'aiguille tordue, qui indique toujours une valeur fausse, avec une très faible dispersion des résultats)

Or, je ne vois pas comment ou peut calculer "l'écart type à la valeur-cible". On peut calculer l'écart type d'une population (dont on a auparavant validé le caractère "normal" (gaussien) de la distribution) puis on peut calculer l'écart entre la moyenne des résultats et le résultat "vrai". Mais comment le garantir, puisque l'étalon est lui aussi soumis à une incertitude (ne serait-ce que sur sa pureté, sa dimution et son volume ou son poids) ?

Et si on fait un comptage microbio, où est la valeur vraie ?

Pas aussi facile qu'il n'y paraît.

Je recommanderais de lire le GUM (Guide on Uncertainty of Measurements, de l'ISO, 1995) et/ou le guide EURACHEM/CITAC Quantifying Incertainty in Analytical Measurements. Et bien sûr l'ISO 5725. Un doc moins facile à lire que Harry Potter, mais qui aide bien...



Gilles TIXIER Lundi 7. Juillet 2008 9:26

D¹accord avec vous sur le fait que :

³La répétition des essais est un moyen possible SI ET SEULEMENT SI il n'existe pas de biais systématique ³.

Toutefois,

si on a pris les précautions suivantes:

. la méthode de mesurage a été validée

. les opérateurs sont qualifiés

. L¹étalonnage des appareils a été correctement fait et s¹il s¹agit d¹une méthode n¹utilisant pas d¹étalons officiels, le labo participe à des évaluations interlaboratoires pour s¹ajuster

. des vérifications sont régulièrement réalisées en interne dans l¹intervalle entre deux étalonnages

. etc.

On peut s¹appuyer sur le fait que l¹écart à la justesse (dont les biais possibles) est négligeable par rapport à la variabilité des mesures (reproductibilité)

Et ainsi l¹incertitude de mesure serait principalement composée de la reproductibilité

À partir de la répétition de mesures d¹un même objet dans des conditions représentatives des contrôles (plusieurs jours, plusieurs opérateurs qualifiés, ..), on peut calculer l¹écart-type de reproductibilité. Après avoir vérifié l¹ajustement possible des la distribution des mesures à la loi Normale (visuellement à partir d¹un histogramme, ça peut suffire), on en déduira l¹incertitude de mesure, que l¹on exprimera conventionnellement par + et ­ 2 écart-types.

Certes, le résultat ne sera pas obtenu que de manière simplifiée, mais il devait raisonnablement coller à la réalité.

La méthode donnée par le GUM est plus orthodoxe (quoi que pas partagée par tous les experts métroloques) mais qui est capable de calculer une incertitude comme cela est indiqué, et en particulier, en utilisant la loi de propagation des incertitudes ? Personnellement, j¹ai pris peur !

----------

PS : Et en préalable, il faut évaluer la précision dont on a réellement besoin pour les analyses à réaliser (d¹après une norme, une réglementation, une préconisation professionnelle)

pour ensuite déterminer la méthode ou l¹appareil dont on abesoin.



Hubert BAZIN Lundi 7. Juillet 2008 10:25

pas mieux !

la propagation des incertitudes (bien que reflètant un principe physique réel) ne peut réellement se calculer que dans des cas excessivement simples, genre dosage acide-base, en classe de terminale. Dès qu'on va chercher un système électronique et des intégratios de pics, on a du mal à voir ce qu'il faut multiplier.

Mon message n'avait pour objet que d'alerter notre colistier sur le fait que l'estimation de l'incertitude allait au-delà des paramètres de répétabilité...

Et si on prend l'incertitude comme +/- 2 sigma, on doit (devrait ?) le dire clairement au client ?



LUNDI 07 DECEMBRE 2009

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